新竹法華寺前身稱之「法華庵」,建立在民國十六年八月十日於日據時代,係由新竹市民陳納大功德主,吩咐長女陳月英女士,承租新竹赤土崎段公有土地,佔地約1800坪,發心籌建。
於昭和十六年(民國三十年)八月十日,陳月英女士將本寺建物產權及基地承租權,轉贈與蘇加走女士。十七年後蘇加走女士自覺風燭殘年、病疾纏身,故於民國四十七年將所有權轉讓與賴來(釋達成)管理人兼住持。
而於民國五十二年將住持一職交由黃永寶(釋聖法)擔任。迄今九十餘年歷史悠久,為一合法立案之佛寺,在民國五十二年有辦理寺廟登記證,建別為「私建」,而在民國八十二年十月十四日經信徒大會通過而改為「募建」。
達成法師於民國六十二年四月,向新竹縣政府順利購得建寺基地,隨後進行寺院改造工程,將大殿、偏殿……等設備一一改建,並於隔月民國六十二年五月十日請釋聖智(邱聰敏)接任住持及管理人。法華寺改建工程於民國六十八年八月竣工。
達成比丘尼於民國六十九年八月廿八日發文給新竹縣政府,說明寺方願意自費來興建靈塔以慰孤魂,因此而成就。其次因緣聚會,在民國七十二年七月廿五日再由賴來(釋達成)接替住持職務。
民國七十九年一月八日釋達成示寂,眾緣成就,於是翌年六月將住持兼管理人一職,交由隆慧法師(郭桂連)接任。
於民國八十年,新竹政府發佈新竹法華寺因「新竹科學園區特定區主要計劃」,而被劃編為「國立交通大學第二校區用地」。
雖經新竹法華寺多方陳情及多位民意代表之協助,及歷經與校方多次協商,於民國八十九年十二月二十九日最後雙方達成協議,以買賣方式移轉給國立交通大學。
於是經新竹法華寺,當任住持隆慧法師等人的訪查,選鄰近苗栗縣三灣鄉永和山水庫。並於民國九十二年搬至苗栗縣三灣鄉永和村九份寮46號遷移完畢。
於民國九十三年完成興建,並於國曆二月廿二日隆重舉行佛像安座大典。民國九十九年國曆五月十九日隆慧法師,塵緣已盡,安詳示寂,臨示寂前,將住持重任囑託現任住持釋普嚴。