有人說，澳門的廟宇在歷史上，不但與小城共度興衰，也見證了天朝國運的起伏。普濟禪院已有 400多年的歷史，在這漫長的嵗月裡，就曾留下了明清交替亂世中明室義士的腳印。由觀音堂到普濟禪院建立期間，神州大地發生了翻天覆地的變化。當時正值明清鼎革之時，可以想像，明室中人，不服滿人管治，並期望有朝一日可以恢復明朝。因此，當滿清入關，不少人選擇遁入空門，寧願出家做和尚，也不遵從清朝的規矩，遺民逃禪也成為當時的一種風潮。也因此，嶺南佛門出現了空前的繁榮。據不完全統計，僅皈依在曹洞宗第三十四代傳人天然函昰座下的明代遺民，包括出家者和居士，就有 100 多人。

  而遺民逃禪的風潮對嶺南佛門乃至澳門佛教均有巨大的影響，甚至可以說，正是明末清初的遺民僧，掀起了澳門佛教的第一次發展高潮。當時觀音堂也一度成為嶺南地區出家人聚居之地，不少僧人便是反清義士。如前所述的大汕和尚、天然和尚等。以至澳門的觀音堂成為不少遺民隱身之地。遺民僧中對澳門佛教影響最大的，首推石濂大汕，還有跡刪和尚、陳獨漉、屈翁山輩等，故而普濟禪院當時也被視為反清復明的基地。