多年來禪院有過幾次大規模的重修擴建，包括上述提到，大汕和尚在 1696 至 1698 年間，從越南弘法中獲得巨資捐款回來，委託徒孫循智和尚進行的首次大規模擴建，以及 1816 至 1818 年期間，由禪院第五代弟子，也是第五任主持秉機和尚（秉機新權）籌劃主事進行的第二次重建和修復，這一次還為重修寺院建了碑誌。

普濟禪院正門（約 1930 年代）

 其後，第三次重修約在 1858 年間，由暢瀾和尚規劃及募捐，並作了較大程度的修建，完善了廟宇左右兩邊的大殿，基本形成現時各殿堂的格局。當時暢瀾和尚得到澳門海防同知馬增頤所撰誌，翰林院編修曾望顏書碑。現時碑文也已經模糊了。根據黃文達先生的記錄，碑文如下：前山之前，南溟之南，沐日浴月，萬象包涵，枕山帶海，翠擁雲龕，詢覽勝者所必幽探，而採風問俗者尤宜停驂者也。余於丁巳冬，權篆斯士，巡閱澳門，道出望廈，見夫桑柘人家，熙熙皞皞，如登春臺，而林木參差中，有殿宇巍峨者，父老為余言曰：此普濟禪院也。因詣院拈香，見簷廊坍塌，颶風飄颻，各殿亦蠧蝕難支，披讀趙君允菁孝廉碑記，知於嘉慶丙子重修，迄今四十有八年矣。傾圯頹垣，非所以妥神靈而昭象教也。公餘之暇，與都人士商擢鼎，所愧鶴糈微薄，不足以潤江河。因諸子踴躍，樂善醵金萬餘。庀材鳩工，於院之西偏，添建地藏殿一座，傍祀十王。於院之東偏，拓三弓地，開數椽軒，顏曰綠雲，可以調素琴、閱金經，碧繞几席，罄播諸天，跌坐移時，翛然有塵外想。其餘各殿悉仍舊規，而簷材黝堊，幾於權輿，以咸豐丁巳仲冬經始，越戊午涂月（年農曆十二月）落成。金碧炫耀，大觀在上焉……

觀音堂右側的武帝廟和福德祠（約 1920 年） 

  與澳門其他的寺廟一樣，觀音堂也曾不幸地經歷了祝融之害。1866 年，禪院發生了一場火災，造成嚴重的損害，其後在 1868 年進行了修復工程。而較近的一次修葺，是在 1944 年，時任住持慧因和尚籌劃了較大規模的工程，主要是修復了禪院的後花園，同時在簽署《望廈條約（1844 年）的位置豎立了一塊石碑，並且在後山花園建置多個涼亭，令環境更為清幽雅致。也就基本上為目前整個禪院的規模。