藥王禪院又名藥山，建於1933年，迄今逾80多年，殿中供奉藥師佛、觀音菩薩等金身佛像，莊嚴蕭穆。據說，禪院創建者是廣州藥王寺住持果清和尚，擅長藝術，懸壺濟世，晚年來澳，興建藥山，擬作潛修靜室，豈料寺院還未竣工，他卻圓寂了。後來，竹林寺之住持為完成果清和尚遺願，續建成藥山。

藥王禪寺內景

        近數十年藥山主要為本澳居民提供先人靈位服務，直至2012年年底，澳門佛教中心協會成為藥山業權人後，決定回復寺院面貌，弘法利生，并期望傳承藥王大願，救助病苦。協會自資款項重新修膳設施，建設用作講經說法與信眾共修法會的大殿，完善寺廟管理制度，以及廣推佛教自利利他精神，鼓勵義工助人自助，無私地為大眾服務。

        2014年4月藥山重建後首次舉行佛教法會，頂禮《梁皇寶懺》法會如法儀，法喜充滿，因而吸引大批信眾參與。此後，藥山全年都會定期舉辦不同類型法會，為佛弟子和大眾提供一個參與佛事及共修的道場。此外為了弘揚佛法、廣結善緣、藥山還成立慈氏圖書館、贈醫施藥的義診服務、期望能為《莊嚴澳門、利樂有情》貢獻一份力量。

藥王禪寺內景